BNDM

Le code: bndm.c

Compilation: gcc bndm.c -o bndm

Un texte exemple à télécharger ici

Il contient la séquence

ATGGCGATGGACAGCATGTTAGTCAGTGACAGATCGTGCAGCAGAT

Usage: bndm AGAT texte-example

Le résultat doit être:

Match at 30

Match at 42

Total: 2

ATGGCGATGGACAGCATGTTAGTCAGTGACAGATCGTGCAGCAGAT

Références:

G. Navarro and M. Raffinot. Flexible Pattern Matching in Strings -- Practical on-line search algorithms for texts and biological sequences. Cambridge University Press, 2002.

ISBN 0-521-81307-7. 280 pages.

Gonzalo Navarro, Mathieu Raffinot: A Bit-Parallel Approach to Suffix Automata: Fast Extended String Matching. CPM 1998: 14-33